Je pense surtout qu'il n'y a aucun système de cache pour les requêtes SQL (ou alors un mauvais).
C'est de loin la ressource la plus gourmande sur un serveur, et même avec "seulement" 200 connectés (+ MTGTop8), avec les affichages de decks qui doivent représenter la majeur partie des pages affichées et qui doivent pilonner la base, sur un petit serveur ça peut être radical.
Mettre en place un système de cache (
cf. ici par exemple pour commencer) au moins pour les infos des cartes et les infos de base de la page d'accueil, c'est un chantier qui peut prendre un temps variable - suivant la qualité du code PHP qui tourne derrière. Du coup je comprends bien la position de JMB, dans un premier temps une migration vers un serveur plus gros est une solution commode.